Le papier 454 pyrosequencing analyses of forest soils reveal an unexpectedly high fungal diversity. 2009. New Phytologist. 184: 449-456 par Buée et al. utilise la technologie de séquençage massif parallèle de la région ITS de l'ADNr nucléaire afin d'étudier les cortèges fongiques de différents sites forestiers.
Ce papier montre tout l'intérêt du 454, qui révèle à une date donnée, des communautés dominées par un certain nombre d'espèces mais qui comprennent également une très grande diversité d'espèces faiblement représentées. Cette diversité est importante, et malgré un effort considérable de séquences produites et analysées les auteurs n'arrivent pas à la révéler totalement. C'est une première limite de l'étude.
Une seconde limite repose sur : (i) la non exhaustivité des bases de données de référence et, (ii) la présence de séquences non ou mal identifiées dans les bases de données. D'ou le grand intérêt comme réalisé par les auteurs d'utiliser des bases de données personnelles éditées curated databases.
Ce papier au délà de son intérêt écologique dans l'acquisition de données utiles à la description des communautés fongiques des forêts, place un jalon important dans l'utilisation de la métagénomique pour l'étude de la diversité microbienne.
Nous attendons cela avec impatience!!!
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